Setelah melalui perjuangan panjang, proposal Program Hibah Kompetisi Institusi (PHKI) Unesa berhasil lolos pada tahap desk evaluation, dan masuk tahap site evaluation. Pada tahun 2008 Dikti kembali meluncurkan Program Hibah Kompetisi Institusi untuk tahun anggaran 2009. PHKI ini dikompetisikan oleh seluruh perguruan tinggi di Indonesia baik negeri maupun swasta. Terdapat tiga tema dalam PHKI Dikti tersebut yaitu, tema A, B, dan C. Tema A bernilai Rp. 2 Milyar dan tema B Rp 3 Milyar. Unesa mengikuti kompetisi untuk tema A dan B. Seleksi tahap awal PHKI diikuti ?? 500 perguruan tinggi dengan mengirimkan proposal awal, tetapi yang lolos hanya 148 termasuk Unesa. Pada tahap kedua, perguruan tinggi yang lolos wajib mengirim proposal lengkap untuk diseleksi. Tahap kedua seleksi PHKI merupakan akhir dari desk evaluation. Melalui pengumuman Dikti hasil seleksi tahap kedua, Unesa termasuk dari 73 perguruan tinggi yang berhasil masuk dalam tahap site evaluation untuk menilai kelayakan program PHKI. Visitasi PHKI ke Unesa dilakukan pada tanggal 31 Juli s/d 1 Agustus 2008. Berikut ini adalah usulan Tema PHKI Unesa Tema A : PENGEMBANGAN DAN IMPLEMENTASI SISTEM MANAJEMEN (A1) Pengembangan dan Implementasi Sistem Manajemen Layanan Akademik (A2) Pengembangan dan Implementasi Sistem Manajemen Penjaminan Mutu (A3) Pengembangan Sistem Manajemen Sumber Daya Tema B : PENINGKATAN DAYA SAING UNESA MELALUI PENGUATAN DAYA SAING PROGRAM STUDI (B1) Peningkatan Sistem Promosi untuk Peningkatan Mutu Input (B2) Peningkatan Mutu Pembelajaran dengan Pengembangan Model Pembelelajaran Inovatif Berbasis Student-Centered Learning (B3) Peningkatan Kualitias Daya Saing melalui Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (B4) Peningkatan Relevansi Lulusan PHKI ini melibatkan semua unit kerja di lingkungan Unesa (antara lain BAAK-PSI, BAU-K, Lembaga Penelitian, P4, Penjaminan Mutu, Humas), dan empat program studi (Pendidikan bahasa Inggris, Pendidikan Bahasa Jepang, Pendidikan Teknik Elektro, dan Pendidikan Kepelatihan Olah Raga). Partisipasi dan komitmen semua civitas akademika, mulai dari pimpinan universitas dan fakultas, pejabat struktural, dosen, karyawan, dan mahasiswa, sangat dibutuhkan dalam mensukseskan site evaluation, sehingga PHKI Unesa 2009 berhasil lolos dengan baik. Semoga Tuhan Yang Maha Esa meridhoi perjuangan kita. Amin.